在實體審查程序中，商標局認為商標注冊申請的內容需要修改，將以《商標審查意見書》的形式向申請人提供修改意見。申請人按要求作出修改的，商標局初步審定該商標并予以公告；申請人逾期未作修改、逾期未作修改，或者修改后不符合《商標法》相關規定的，申請將被駁回并發送給申請人《商標駁回通知書》。部分駁回程序也是商標局實質性審查的最終結果之一。根據《商標法實施條例》第21條，部分駁回是針對指定的商品(或服務)，對商標申請本身不存在部分駁回。如果申請的商標屬于組合商標，即使該商標只有某一部分與他人在先權利相沖突，只要判定雙方商標整體相似，且部分商品(或服務)不存在被駁回的可能性，則商標注冊申請只能整體被駁回。

申請人收到《商標部分駁回通知書》后，如果同意商標局的部分駁回決定，則不必答辯同意。商標局的商標注冊和管理自動化系統將在設定的商標評審期結束后自動公布部分初審和批準；申請人對商標局的部分駁回決定不服的，應當自收到通知之日起15日內直接向商標評審委員會申請復審，由商標評審委員會作出復審決定，并不得將有關函件送交商標局。