公司合并是一個系統工程，參與合并的各方都要按照業務流程運作。關于公司合并的業務流程，《公司法》第174條規定，公司合并的，合并各方應簽訂合并協議，并編制資產負債表和資產清單。公司應當自作出合并決議之日起10日內通知債權人，并于30日內在報紙上公告。債權人可以自收到通知之日起30日內要求公司清償債務或者提供相應的擔保，未收到通知的，自公告之日起45日內要求公司清償債務或者提供相應的擔保。從實際出發，我們將兩個以上沒有控制關系的公司之間復雜合并的業務流程總結如下：

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第一階段是達成合并意向。在此階段，擬參與合并的各公司管理層或股東首先進行試探性接觸和初步談判。當所有擬參與合并的公司均表示有意合并，并就合并的基本原則達成初步協議時，如合并后各方持股比例、被合并公司的實際控制人、被合并公司的經營范圍和經營目標、合并定價的方法和原則、工作流程和時間表等。雙方可以訂立保密協議和合并意向協議，不具有法律約束力。

第二階段是披露調查階段。在這一階段，計劃參與合并的公司應披露估值基準日的資產負債表和資產負債明細表，以及主要股東、公司基本經營狀況、無形資產構成、重大合同和訴訟、員工構成等重大長期問題。也可以為對方安排盡職調查，增進被并購公司之間的相互了解，為下一步的商務談判創造條件。這一階段工作的目的是為最終確定合并計劃和合并定價奠定基礎。

第三階段，評估和談判定價階段。公司合并也是一種交易，其本質是參與合并的各公司股東權益的“合伙”交易。因此，有必要在評估的基礎上，對參與合并的各公司的股東權益進行協商和定價。只有當參與合并的各方就被合并公司的總資產和負債，即股東權益的價格達成一致時，才能確定被合并公司全體股東的持股比例，以及協商后的持股比例與其在被合并公司投資的差額。這是因為投入被合并公司的各方都是資產和負債，沒有定價就不可能進行合并。定價是并購過程中的商業事項，關系到參與并購各方股東的切身利益。價格越高，公司股東從被合并公司獲得的股份越多，價格越低，獲得的股份越少。

第四階段，管理局通過合并決議的階段。在披露調查階段完成，各方就合并定價達成一致后，就可以最終確定合并方案。合并計劃確定后，有意參與合并的各公司可向公司主管部門報告合并計劃。合并是公司的重要事項，必須經過公司的權限批準，否則公司不能合并。

第五階段，公告階段。根據《公司法》第174條規定，公司應當自作出合并決議之日起10日內通知債權人，并于30日內在報紙上公告。《公司法》之所以規定這個，是因為：(1)債權債務關系具有人格成分。債權人基于對債務人人格的信任而同意借貸。公司合并后，債務人的人格發生變化或者被消滅的；(2)合并后，雖然公司規模擴大，資產增加，但公司的償債能力并不一定增加。因此，合并可能損害債權人的利益。所有參與合并的公司都需要通知債權人并進行公告，這是公司合并的必要法律程序。根據《公司法》第205條第1款規定，公司未按照《公司法》的規定通知或者公告債權人的，由公司登記機關責令改正，對公司處以1萬元以上10萬元以下的罰款。

第六階段，接收債權人的回復，處理債權人事務。如果對債權人的回復沒有異議，參與合并的公司需要將債權人的回復妥善收集整理，待公司登記部門核準后使用。債權人收到通知后30日內，或者公司公告后5日內，有權要求債務人清償債務或者提供擔保。債權人要求公司償還債務或者提供擔保的，公司只能償還債務或者提供相應的擔保，否則公司不能合并。

第七階段，公司注銷、登記及變更登記。參與合并的所有公司公告45天后，無債權人對合并有異議，或者全部按照《公司法》的規定辦理完畢后，可以按照合并方案辦理相關公司的注銷登記、設立登記或變更登記。過去，根據有關規定，因合并而不再存在的公司，必須在設立公司登記(新合并)或變更公司登記(吸收合并)和設立分公司之前注銷，這使得與公司合并有關的登記手續復雜混亂，在公司生產經營活動不停止的情況下，經營十分困難。201 1年1月28日國家工商行政管理局發布《關于做好公司合并分立登記支持企業兼并重組的意見》。本意見第四條明確規定，因公司合并申請公司登記的，申請人可以在公告發布后45日內，同時申請公司注銷、設立或者變更登記。其中，不屬于同一登記機關管轄的，相關登記機關應當加強登記銜接。需要銜接層面的，上級登記機關應主動配合；如需區域銜接，首先收到相關咨詢和申請的登記機關應主動協調。參與合并的公司可以根據合并計劃同時處理所有與公司登記有關的工作。

第八階段，后續階段。這一階段的工作包括各公司財務賬目的合并、行政班子的組建、行政機構、人員安排、業務整合、市場整合、合同處理、債權債務關系等。以及非存續公司稅務1、海關和外匯事宜的最終處理和工作。

商注銷工作。這些工作有的可能在合并之初就開始籌，在合并過程中已經著手解決，但有的可能需要一直等到合并工作的收尾階段才能最后完成。
上是參照《公司法》的規定和實務操作提出的公司合并八個階段所要做的工作，在實務中公司合并是非常復雜的，前邊已經說過，它涉及方方面面的刺，受到方方面面的管控，如企業資質、生產經營許可等，在實務中是非常難辦的。公司應當按照合并的業務流程操控公司合并業務。